2001 മുതലാണ് പാകിസ്താനിലെ മനസീറാ ജില്ലയിൽ ഉള്ള ബാലകോട്ട് പ്രദേശം ജെയ്ഷെ മുഹമ്മദിന്റെ പ്രധാന കേന്ദ്രമാകുന്നത്. പരിശീലന ക്യാമ്പുകൾക്കു പുറമെ ജെയ്ഷെ മുഹമ്മദിന്റെ മേൽനോട്ടത്തിലുള്ള മദ്രസ്സകളും കണ്ട്രോൾ റൂമുകളും ഇവിടെ പ്രവർത്തിക്കുന്നുണ്ട്. ഇന്ത്യയ്ക്കെതിരെയുള്ള പ്രധാന ആക്രമണങ്ങളുടെയെല്ലാം ചർച്ചകൾ ബാലകോട്ടിലാണ് നടക്കുന്നത്.