എസ്എഫ്ഐയുടെ ക്രൂരമർദ്ദനത്തിനും ആൾക്കൂട്ടവിചാരണയ്ക്കും ഇരയായി പൂക്കോട് വെറ്ററിനറി കോളജ് വിദ്യാർത്ഥി കൊല്ലപ്പെട്ട സംഭവത്തിൽ ജുഡീഷ്യൽ അന്വേഷണ കമ്മിഷനെ നിയമിച്ച് ഗവർണർ ആരിഫ് മുഹമ്മദ് ഖാൻ. ഹൈക്കോടതി മുൻ ജഡ്ജി എ.ഹരിപ്രസാദിനാണ് അന്വേഷണ ചുമതല. വയനാട് മുൻ ഡിവൈഎസ്പി വി.ജി.കുഞ്ഞൻ അന്വേഷണത്തെ സഹായിക്കും. മൂന്നു മാസത്തിനകം റിപ്പോർട്ട് നൽകണം. വിസിയുടെയും ഡീനിൻറെയും വീഴ്ചകളും അന്വേഷണ പരിധിയിൽ ഉൾപ്പെടും.
കേസ് സിബിഐക്ക് കൈമാറുമെന്ന് പ്രഖ്യാപിച്ചെങ്കിലും ഇക്കാര്യം ഔദ്യോഗികമായി സിബിഐയെ അറിയിച്ചത് ഒരാഴ്ചയോളം വൈകിയത് വൻ വിവാദമായിരുന്നു. വിജ്ഞാപനം ഇറങ്ങിയത് ഈ മാസം 9ന് ആണെങ്കിലും ഇക്കാര്യം ഔദ്യോഗികമായി സിബിഐയെ അറിയിച്ചത് 16ന് ആണ്.
കേസിൽ സിബിഐ അന്വേഷണം വേണമെന്ന സിദ്ധാർഥന്റെ മാതാവിന്റെ അപേക്ഷ പിതാവാണു നേരിട്ടെത്തി മുഖ്യമന്ത്രിക്കു കൈമാറിയത്. കേസന്വേഷണം സിബിഐയ്ക്കു വിട്ട് അന്നു വൈകുന്നേരം ആഭ്യന്തരവകുപ്പ് വിജ്ഞാപനം ഇറക്കി. ദില്ലി സ്പെഷൽ പൊലീസ് എസ്റ്റാബ്ലിഷ്മെന്റ് ആക്ട് 1946 പ്രകാരം വൈത്തിരി പൊലീസ് റജിസ്റ്റർ ചെയ്ത കേസ് സിബിഐക്ക് കൈമാറുന്നതായാണു വിജ്ഞാപനത്തിൽ പറഞ്ഞിരുന്നത്. എന്നാൽ, വിജ്ഞാപനത്തിന്റെ കോപ്പി സർക്കാരിന്റെ ആമുഖ കത്തോടെ സിബിഐയ്ക്കു കൈമാറാൻ ഒരാഴ്ചയാണ് വൈകിയത്.